房屋产权的不同，带来了购买条件、未来使用费用、税费等方面的差异。
购买50年产权的房屋，很难申请公积金贷款，而如果采用银行贷款方式购买50年或40年产权的住宅，只能得到五成或六成按揭，贷款利率为基准利率的1.1倍。但随着各地将第二套住宅首付比例上调为六成，正规住宅反而占据了优势。
50年产权住宅的水、电、暖等使用费用都采取商用价格，且没有天然气入户，虽然很多开发商在前期开发中能按民用价格缴纳，但未来存在变数，购房者应在购房时了解清楚。
50年产权的住宅初次购买和转让时，契税按3%缴纳，相比普通住宅的1.5%增加了未来交易的难度，但在一些城市，例如北京则要征收卖房所得的20%个人所得税，这使得未来住宅交易难度比商住房还要大。因此从投资角度看，50年产权房子更合适。
按照公建相关要求，50年产权房屋的人防和消防等建设标准较高，建筑质量也比普通住宅要高。但居住时需要增加大堂、通道等公共空间，因此得房率普遍比住宅要低。而《物权法》规定，住宅建设用地使用权限期间届满的自动续期，但50年产权房屋拿地之初开发商很难要求50年后的权益，居住权的保障是难以确定的。
在房地产市场上，拥有40或50年产权的公建用途土地，不仅仅限于开发住宅物业，还包括其他用途。根据《中华人民共和国城镇国有土地使用权出让和转让暂行条例》的规定，土地使用权出让年限按不同用途进行划分，购房者应该了解清楚。
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