1. 不同的房屋类型适用不同的房贷。公积金贷款只能用于购买70年产权的住宅，不能用于商住等类型的房屋；而商业贷款的适用范围更广，除了住宅之外，商住两用房也可以申请。
2. 公积金贷款和商业贷款的性质和利率也不同。公积金贷款是政策性贷款，不以盈利为目的，利率相对较低。而商业贷款是为了赚取利润，利率较高。对于5年以上的住房贷款来说，商业贷款的基准利率为4.9%，而公积金贷款的基准利率仅为3.25%。一般来说，银行针对首套房都是按照基准利率放贷，但有些银行的商业贷款会有10%到15%的折扣。而对于二套房来说，利率基本上是基准利率的1.1倍。
3. 贷款额度也不同。公积金贷款的额度是有限制的，每个城市的上限额度也不太一样，例如在北京是120万。而商业贷款没有明确的上限，但总的贷款额度受限于能开出证明的家庭总收入，通常要求家庭月收入为每月还款额的2倍。可以通过房贷计算器来计算自己的贷款总额和相应的月供金额。
4. 贷款年限方面，总贷款年限不会超过30年，贷款人的年龄加贷款年限不超过70年。不同银行和不同城市的公积金管理中心规定也不一样。商业贷款可以选择的还贷期更长，可以是等额本金和等额本息两种还款方式。
5. 审批时间不同。商业贷款需要约20个工作日来完成审批，而公积金贷款则需要约40个工作日，商业贷款审批的速度更快。
6. 针对不同的人群，商业房贷针对所有符合条件的社会公众开放，而公积金贷款只对公积金缴纳者开放，且要求比较严格。
7. 公积金贷款的条件包括：住房公积金开户一年以上，并连续缴存12个月；必须是缴存状态；没有未结清的公积金贷款或政策性贴息贷款。除此之外，还有两种情况也可以申请公积金贷款，即离退休职工或翻修房屋。
8. 贷款来源也不同。商业贷款放款的来源是由商业银行等放贷机构筹集的社会公众资金，而公积金房屋贷款则是公积金缴纳者缴纳的资金。
9. 审批机构的不同。商业房贷主要通过银行审批，决定权在银行;公积金房贷则需要通过公积金管理中心审批，决定权在公积金管理中心，银行只是执行机构。
10. 利息用途也不同。商业房贷的利息是商业行为的盈利，归相关的投资人，而公积金利息则是有政策规定用途，只能用于保障性住房建设。
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