1.差别1：贷款条件不同
购买50年产权的房屋，很难申请公积金贷款。而购买50年或40年产权的住宅，如采用银行贷款，仅能得到五成或六成的按揭，贷款利率为基准利率的1.1倍。过去这曾经是50年产权住房的一大缺陷，但随着各地普遍将第二套住宅首付比例提高到6成，正规住宅产品反而处于劣势。
2.差别2：未来使用费用不确定
按照公建用途规定，50年产权住宅的水、电、暖等使用费用都采取商用价格，且没有天然气入户。许多开发商会寻求在前期开发中与政府部门达成协议，以民用价格缴纳费用。但这种做法名不正言不顺，未来可能存在变数。购房者在购房时需询问清楚相关费用情况。
3.差别3：相关税费的差异
在购买普通住宅时，初次购房和未来转让时缴纳的契税为1.5%。而购买50年产权的住宅，则需要按照3%的比例缴纳契税，增加了未来交易的难度。但在像北京这样实行若不是少有住房，无论是否满5年，都要征收卖房所得的20%个人所得税的城市，未来住宅的交易难度可能比商用房还要大。从投资的角度看，50年产权房产更合适。
按照公建相关要求，50年产权房屋的人防和消防等建设标准较高，建筑质量也比普通住宅更高。但从居住的角度将，这也需要增加大堂、通道等公共空间，因此得房率普遍比住宅要低。
《物权法》排名前列百四十九条规定，住宅建设用地使用权限期间届满的，自动续期。非住宅建设用地使用权期间届满后的续期，依照法律规定办理。该土地上的房屋和其他不动产的归属，有约定的，按照约定办理；没有约定或约定不明确的，依照法律、行政法规的规定办理。这意味着，正规住宅的使用期限届满后，房屋所有者仍可安心居住。但50年产权则不同，在拿地时开发商可能并不会要求50年后的权益，到时如何保障居住权则是个大问题。
购买40或50年产权的公建用途土地，发展住宅物业仅是其中一种做法。在房地产市场上，还存在着其他类似情况。根据《中华人民共和国城镇国有土地使用权出让和转让暂行条例》第十二行规定，土地使用权出让较高年限按下列用途确定，购房者必须看清楚：
1.居住用地70年；
2.工业用地50年；
3.教育、科技、文化、卫生、体育用地50年；
4.商业、旅游、娱乐用地40年；
5.综合或其他用地50年。
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