房产证的性质不同，大产权房和小产权房的房产证来源也不同。大产权房的房产证是由国家颁发的，购房合同在国土房管局备案。而小产权房的房产证则是由乡政府或者村政府颁发的，这类房产没有国家颁发的土地使用证和预售许可证，购房合同也不在国土房管局备案。因此，房产证的性质不同。
此外，大产权房和小产权房在法律保护上也有所不同。法律承认并保护大产权房，但并不承认小产权房。因此，小产权房在遇到房产纠纷的时候，房住维权的难度会加大。大产权房在国家房管局备案，发生法律纠纷的时候，解决的难度相对较小。
此外，购房者在购买房产时也要关注房产是否有转卖限制。很多购房者买房都是先买一套小一点的房产，等到日后有经济能力了再进行房产置换。因此，是否有转卖限制也是购房者需要关注的问题。
从产权归属和合法性来看，开发商的产权称为大产权，业主们的产权则称为小产权。有国家颁发的房屋产权证的可称为大产权房，不拥有这个证则称为小产权房。在交易税费方面，若无需交土地出让金，则是大产权房，要交的则是小产权房。
总之，大产权房和小产权房的区别在于房产证来源、法律保护和转卖限制等方面。购房者在购买房产时需要仔细了解房产的性质和产权情况，以免在日后出现纠纷。
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