指标房的房产证问题需要根据购买房屋的具体类型来决定。如果是单位的集体房产，房产证通常也是按照集体的名义来办理的。对于单套住房只拥有使用权并且无法办理单独的房产证，但如果指标房作为正常的商品房，而且5证齐全的情况下，那么都是拥有房产证的。
指标房通常是指低于普通商品房价格的房屋，通常需要排号获取号码之后才能购房。如果开发商失去了办理楼盘产权的资格，比如说楼盘被查封或者是并没有取得土地使用证等情况，那么购房者就无法办理房产证。开发商可能会因为资金周转不灵，出现一房多卖的情况，导致房屋出现重复销售的状况，这时候如果想要进行办理房产证，那么也无法直接办理。如果开发商没有按照整体的规划来进行小区配套设施的建设，同时也与小区的业主存在一定的纠纷，那么有可能也无法办理房产证。
指标房和商品房的区别在于购房渠道、产权性质、选择性和限购政策。指标房的购房渠道一般是单位集资建房、团购房以及拆迁指标房(经济适用房)，而商品房的购房渠道则是开发商的销售渠道，购房方式公开、透明。很多单位集资建房或者拆迁指标房都是政府补贴性用房，房屋产权性质并非商品房而是经济适用房。指标房选择性小，能够拿到指标就已经很难得了。拆迁指标房是不受限购政策约束的，只要有指标，不需要购房名额，有钱、有身份证就能买。除此之外拆迁指标房每个月都有拆迁安置过渡费，按季度发放，一直补到交楼为止。另外，交楼时还有装修补贴，具体金额也是因地而异。商品房是没有这些待遇的。
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