绿本房产证和红本房产证是有区别的。首先，它们代表的房屋类型不同。红本房产证是商品房房产证，代表房产所有权和土地所有权合二为一，而绿本房产证是属于房地产共有证，主要是针对于经济适用房、福利房等政策性用房。
其次，它们的使用限制时间也不同。持有红本房产证的所有权人可以自由交易和抵押贷款，这些权利都是受国家保护的。而绿本房产证具有一定的限制性，例如个人持有绿本房地产经济适用房，国家要求5年之内不得交易转证或抵押贷款。
另外，它们的含义也不同。红本房产证代表的是真正意义上的房产证，户主拥有完整的房屋所有权，这个房子除了可以居住，还具有依法转让、抵押贷款等交易的权利。而绿本房产证代表的是非市场商品房，也就是所谓的小产权房，有减免的优惠政策，卖给特定的对象，所以说这个房子的房产权是受限制的，不能转让和抵押，也不能登记过户等。
最后，它们的内容也不同。红本房产证包含房屋所有权人、共有情况、房屋坐落、登记时间、房屋性质、规划用途、房屋状况和土地状况；而绿本房产证对比房产证增加了镭射区、不动产单元号、适用期限等内容。总之，绿本房产证和红本房产证有很多区别，需要在购房时仔细辨别。
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