1、预告登记和商品房预售登记备案制度的法律性质不同。前者属于民事制度，后者属于行政管理制度。
2、预告登记和商品房预售登记备案制度的实际功能不同。前者主要是为了保障债权人将来能够实现物权，后者在行政上对预购人具有保护功能，有助于维护房地产市场的健康发展。
3、预告登记和商品房预售登记备案制度的操作上也有不同。前者必须是在双方有预告登记的约定之后才能申请，而后者是一种只针对房地产开发企业的强制性制度。
4、预告登记和商品房预售登记备案制度的适用范围也不同。前者适用范围广，可以在房屋的买卖、抵押和建设用地使用权的转让中进行预告登记，而后者只适用于商品房预售。
5、预告登记和商品房预售登记备案制度的登记主体也不同。前者的主体机关是房屋登记机构，而后者的主体管理机构是当地人民政府。
商品房预售登记备案并不具有法律效力，只是一种预售的程序之一，可以一定程度上防止一房二卖。开发企业应当与承购人签订商品房预售合同，并在签约之日起30日内向房地产管理部门和市、县人民政府土地管理部门办理商品房预售合同登记备案手续。房地产管理部门应当积极应用网络信息技术，逐步推行商品房预售合同网上登记备案。商品房预售合同登记备案手续可以委托代理人办理，但必须有书面委托书。
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