（一）法律风险
乡村产权房的转让存在很多限制。虽然这些房屋具有普通商品房的使用性质，但它们不具备普通商品房的法律性质，因此它们不属于商品房。因此，商品房相关的法律法规和制度对乡村产权房是无效的，人民法院也不能按照商品房买卖的法律规定和司法解释处理与乡村产权房有关的案件，购房人的权益很难得到保障。同时，由于购买小产权房的合同是无效的，根据法律规定购房人只能要求开发商退还购房款并按银行同期贷款利率支付利息等。但是，如果购房人明知所购房屋是乡产权房仍然购买，由于他方有过错，人民法院可能不会支持其要求赔偿损失的请求。即使开发商违约，由于合同无效，购房人的权利也无法得到保障。由于乡产权房不受法律认可，也不用在房管部门备案，不在政府机构监管范围内，因此在使用房屋的过程中，如果遇到房屋质量问题、公共设施维护问题，救济渠道就非常有限。
（二）政策风险
购买在建的乡村产权房时，购房人与开发商签订合同并交付房款后，如果相关部门整顿乡产权房的建设项目，可能就会导致部分项目停建甚至被强拆。购房人只能找开发商索要购房款，可能既无法取得房屋，又不能及时索回房款。此外，如果遇到国家征地拆迁，由于乡村产权房没有国家认可的合法产权，购房人并非合法的产权人，所以很可能无法得到拆迁补偿，而作为实际使用人所得到的拆迁补偿与产权补偿相比很少。
（三）监管缺位
乡村产权房屋的开发建设还没有明确的规定。开发建设的监管同样存在缺位。而乡村产权房屋的开发得不到银行贷款支持，大量的开发资金没有政府和银行进行监管，主要依靠开发商自律进行开发建设。一旦开发单位的资金或其它环节出现问题，极有可能变成烂尾工程。如果将购房资金预交给没有任何资质和监管的开发单位，资金的安全，开发商资金是否按时到位，是否能够按质按时的交付房屋存在着很大的风险。开发单位的资质没有，房屋质量和房屋售后保修难以保证。此外，入住后的物业管理也极易出现问题。
（四）转让风险
根据《中华人民共和国土地管理法》的规定，农民集体所有的土地的使用权不得出让、转让或者出租用于非农业建设。农村宅基地属于集体所有，村民对宅基地也只有享有使用权，农民将房屋卖给城市居民的买卖行为不能受到法律的认可与保护，也就不能办理土地使用证、房产证、契税证等合法手续。这意味着，乡村产权房是不能向非本集体成员的第三人转让或出售的。购买后也不能合法转让过户。这同时会对房屋的保值和升值产生很大的影响。
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