1999年，财政部、国家税务总局和建设部发布了《关于个人出售住房所得征收个人所得税有关问题的通知》，规定个人出售自有住房所得应按照财产转让所得项目征收个人所得税。2003年，国家税务总局发布了《关于个人出售住房征收个人所得税的有关问题的通知》，但这仅是自愿申报，并非强制征收。
2006年，国家税务总局正式发布《关于个人住房转让所得征收个人所得税有关问题的通知》，自2006年8月1日起，对于进行个人二手房转让的国内居民，需要开始缴纳个人所得税，税率为20%。根据该通知，税收从自愿申报变成强制收缴。同时，该通知进一步细化了纳税计算方式，规定个人所得税缴纳按照差额征收。
不同产权类型的房屋个税有不同的计算方式。对于商品房，个税计算公式为（转让收入-购房时实际支付的房价款及交纳的相关税费-转让该套住房过程中缴纳的税金-卖方按照规定实际支付的住房较高10%装修费用、房款利息等）*20%。对于经济适用房等其他类型的房屋，个税计算方式也有所不同。
108号文件为了保护普通市民的合法权益，对二手房交易中的个人所得税也有相应的优惠规定。例如，对于个人转让自用5年以上并是家庭少有生活用房取得的所得，免征个人所得税。对于出售自有住房并拟在现住房出售1年内按市场价重新购房的纳税人，其出售现住房所缴纳的个人所得税，则先以纳税保证金形式缴纳，再根据其重新购房的金额与原住房销售额的关系，全部或部分退还纳税保证金。
现阶段，个人所得税的缴纳政策仍然沿用上述通知的缴纳方式。对于转让家庭名下不满五年，或满五年不少有住宅的，差额20%征收个人所得税（若无房屋原值凭证按网签价1%征税）。对于转让家庭名下满五年且少有住宅的，免征个人所得税。
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